ストーン検事は麻薬の資金洗浄に手を貸したマーカンタイル銀行の行員3名を起訴したが、敗訴する。NY市警の誰かが証拠の取引データを消去したためだ。内務調査部がクレイゲン警部と証拠物件保管課のピーター・オファレルの共謀を疑い、グリービーとローガンはクレイゲンの潔白を証明するため捜査を開始。100ブロック先の保管課に2日連続で行ったことが内務調査部に目を付けられた原因で、クレイゲンは証拠の整理を頼まれたためだと言うが、彼の方から持ちかけたことが分かる。ローガンは保管課の警官から保管課の当番表と本部の人員名簿を手に入れグリービーと確認すると、市警を2週間前に退職したアルバート・マクローリーの名が当番表にあることに気付く。自宅を訪ねてみると豪邸で、2人がクレイゲンの部下であることを知っており追い返される。ローガンは内務調査部のケネディ警部補から手を引くよう警告され、関係者への接触を禁じられる。その中にFEC（連邦選挙委員会）があったことから、グリービーは事件の黒幕が警察出身の下院議員ウィリアム・ウィルソンであることに気付く――。
シーズン1最終話。
